للمرة الأولى في تاريخ المؤسسة العريقة؛ يتعرض الأزهر في مصر وعلى رأسه شيخه أحمد الطيب لحملات إعلامية وصحفية منهجية تسفه من فكره ومنهجه وتنال من شيوخه وعلمائه، بإيعاز من نظام قائد الانقلاب عبد الفتاح السيسي.
ورغم تأييد شيخ الأزهر، الانقلاب العسكري في تموز/ يوليو 2013، على أول رئيس مدني منتخب، إلا أن علاقته بالنظام اتسمت بالشد والجذب منذ أعلن رفضه إراقة الدماء في فض اعتصامي النهضة ورابعة، مرورا برفضه تكفير تنظيم "الدولة الإسلامية"، ورفضه خطبة "وزارة الأوقاف" المكتوبة، ثم رفضه طلب السيسي بحظر الطلاق الشفوي.